Die Suchworte "Strukturformeln" und "Programm" spucken bei den üblichen Suchmaschinen massenweise Infos aus.
Darunter Programme wie ChemSketch, ISISDraw, Strukturformeleditor, etc.
Zudem gibt es bei Wikipedia diese Seite:
http://de.wikipedia.org/wiki/Wikiped...kturformeln%3F
Da dürfte sicher etwas passendes dabei sein...