Tag 2 A95/ B 77 - PCR

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Findet noch jemand B total falsch? Die Kurve der PCR steigt ja schon lange vor dem CT Wert. Damit ist doch auch vorher schon DNA nachgewiesen. Außerdem kann man doch den Threshold und damit den CT Wert manuell verändern.

[Knicks]

"Der Ct-Wert, der bei vielen PCR-Geräten angegeben wird, ist die Anzahl der durchgeführten Zyklen,
nach denen während der PCR ein positives Signal detektiert wird."

https://www.labor-becker.de/fileadmin/Data/Corona/faq/Was_sagt_der_CT-Wert_aus_Factsheet.pdf

[danielgue222]

Ich habe B auch als Falsch angesehen, da bei dem CT-Wert die Kurve expotential ansteigt. DNA sollte aber meiner Meinung nach auch schon vorher nachzuweisen sein, zur Not mit einem anderen Gerät/anderem Verfahren.

[Unregistriert]

Der Nachweis hängt nicht vom Gerät ab, sondern von dem Protokoll und von den verwendeten Zyklen ab. Du kannst an beliebigen PCR-Geräten immer wieder 2 Zyklen laufen lassen und nichts detektieren, oder aber auch 50+ Zyklen machen, bei denen sogar deine Negativkontrollen positivieren. Der Ct-Wert heißt deswegen cycle threshold, weil das nämlich der Schwellenwert ist, ab dem die Probe als positiv für den gesuchten DNA-Abschnitt ausfällt.

[Unregistriert]

Sehe ich auch so!
Dann macht eigentlich nur A Sinn oder?
Die DNA wäre ja demnach dann am höchsten

[wlr75]

Der CT-Wert ist definiert als der Zyklus, bei dem zum ersten Mal etwas nachgewiesen werden kann. Verstehe gerade nicht, warum ihr eine Frage anfechten wollt, bei der sich das IMPP ausnahmsweise mal an Tatsachen hält...
Der einzige Grund, aus dem ich sie für anfechtbar halte, ist, dass da einfach nur DNA statt RNA oder meinetwegen halt cDNA steht. So, wie es da steht, ist die Aussage nicht wirklich korrekt.

[Unregistriert]

Dann macht eigentlich nur A Sinn oder?
Die DNA wäre ja demnach dann am höchsten

Nein!

Die PCR läuft nicht nur 30 Zyklen, sondern noch mindestens 10 weitere - insgesamt 40 nach dem Drosten-Protokoll zur Detektion von Sars-CoV-2. In jedem weiteren Zyklus hast du mehr DNA als im vorherigen, weil sich jede Kopie verdoppelt. Es kann also nicht sein, dass sich im Zyklus No. 30 die höchste DNA-Konzentration vorliegt.

Mit dem Ct von 30 ist gemeint, dass es 30 Zyklen dauert, bis die DNA die vorher festgelegte Nachweisgrenze überschreitet, ergo wird zum 1. Mal nachgewiesen und der Test ist als positiv einzustufen.

[Unregistriert]

https://de.wikipedia.org/wiki/Ct-Wert
Demnach erreicht hier erstmals die Flureszenz den Schwellenwert, DNA ist auch vorher vorhanden. Der Ausdruck DNA wurde nachgewiesen ist vollkommen schwammig - eigtl müsste schon das leuchten zuvor DNA nachweisen - ob spezifisch die DNA der RNA des Viruses steht in der Antwort nicht. (Ad B). A stimmt doch nur, wenn dann gestoppt wird und ist nicht wirklich das, was der Wert aussagt/sagen soll.

[Unregistriert]

Der CT-Wert ist definiert als der Zyklus, bei dem zum ersten Mal etwas nachgewiesen werden kann. Verstehe gerade nicht, warum ihr eine Frage anfechten wollt, bei der sich das IMPP ausnahmsweise mal an Tatsachen hält...
Der einzige Grund, aus dem ich sie für anfechtbar halte, ist, dass da einfach nur DNA statt RNA oder meinetwegen halt cDNA steht. So, wie es da steht, ist die Aussage nicht wirklich korrekt.

Bin völlig bei dir wegen dem Anfechten!

Wobei RNA wäre auch falsch. In der RT-PCR wird die cDNA benutzt und entsprechend nachgewiesen. Und cDNA ist letztendlich immer noch eine DNA, von daher ist die Formulierung von Antwort B okay.

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Ich habe für meine Doktorarbeit ganz viele PCRs gemacht und deshalb weiß ich, dass man manuell an der Maschine den Threshole verstellen kann und damit den CT Wert. Und es ist definitiv auch schon vor dem CT Wert ein Signal sichtbar.

[Unregistriert]

Wozu braucht man dann einen Schwellenwert, wenn irgendein Signal zum Nachweis ausreichend wäre? Ist es ein echtes Signal oder vielleicht ein Hintergrund-Signal?

[Unregistriert]

Wozu braucht man dann einen Schwellenwert, wenn irgendein Signal zum Nachweis ausreichend wäre? Ist es ein echtes Signal oder vielleicht ein Hintergrund-Signal?

Den Schwellenwert braucht man ja nur für einen qualitativen Vergleich und damit muss der nur für alle Proben gleich sein. Quantitativ kann man ja eigentlich nur mit einer Standardkurve rechnen. Und damit ist für den Schwellenwert wäre eigentlich der lineare Teil der Kurve sinnvoller als der Beginn des Anstiegs. Ich werde dafür aber nochmal eine verlässliche Quelle suchen und das auf jeden Fall anfechten!

[Unregistriert]

Was würde hier gegen C sprechen? Laut Amboss wird bei Cp>30 kaum/keine Viruslast nachgewiesen, abhängig vom jeweiligen Labor, wenn ich mich richtig erinnere

[Unregistriert]

sehe ich auch so

[Unregistriert]

Eine DNA gilt als nicht nachgewiesen bzw. der Test fällt negativ aus, wenn der Ct-Wert trotz durchgemachten 40 Zyklen immer noch nicht erreicht wird (sog. No-Ct).

In unserem Fall lag jedoch ein positives Ergebnis vor, nämlich ein Ct-Wert von 30. Es spricht für eine niedrige Viruslast, diese ist aber nicht mit "DNA wurde nicht nachgewiesen" gleichzusetzen.