Ist dieses exp. Thema aktuell und zu schaffen?

[iDoc]

Hallo leute!

Ich habe jetzt dieses Thema erhalten, zweifele aber etwas:

Vergleich von p53 in Kopfhalskarzinomen und Bronchialkarzinomen.

Dazu muss folgendes gemacht werden:

1. Proben auf Objektträgern Färben und DNA Isolieren
2. PCR und seq-PCR
3. Vergleich der Basenfolgen und Mutationen in der p53 DNA

Fragestellung - Eignet sich p53 als Diagnose zur Differenzierung ob das BronchialCA ein Primarius oder eine Metastase des Kopf-Hals-Karzinoms ist.

Jetzt bin ich etwas verunsichert, ob die Analyse von p53 alleine aussagekräftig ist udn die Frage beantworten kann. Zusmal p53 ja schon so weit erforscht ist und mittlerweile out ist? Irgendwie habe ich das gefühl, das das alles am ende überhaupt keine aussagekraft haben wird.
Es müssen ca. 60 Proben bearbeitet werden, die aber bereits in der Pathologie liegen.
Wie ist euere einschätzung der Dr. Arbeit?

Grüsse

[MediHH]

Ich glaub dass das Thema sehr gut schaffbar ist. 60 Proben sind überschaubar. klar umschriebene Methodik und Aufgabenstellung.
Na gut p53 ist jetzt nicht gerade die Neuentdeckung des Jahres, aber als ausgeforscht zu bezeichnen halte ich für falsch. Allein 2008 sind massenweise Publikationen zu p53 erschienen.
Eine Dr. Arbeit wächst und verändert sich ja auch noch. wenn du schnell bist und dir p53 nicht reicht und eine 2. Mutation einfällt kannst du das ja deinem Betreuer vorschlagen.

Und die Aussage, dass die Bestimmung des p53 Genstatus keine Aussage über Frage ob Metastase oder primarius zulässt ist auch ein Ergebniss.

[netfinder]

Es kommt darauf an was du willst, wenn Du unbedingt eine bahnbrechende Etndeckung machen moechtest, dann ist das vllt. nicht unbedingt was, aber sonst klingt es ueberschaubar und wie medihh schon anfuehrte, auch ein Nein ist ein Ergebnis, nicht das Schönste, aber den Titel bringt es trotzdem.

[cKone]

Hört sich interessant an, würd ich mir auf jedenfall mal genauer anschauen.

[Flemingulus]

Bin nicht ganz sicher, ob ich die Fragestellung richtig verstehe? Ist das so gemeint, dass das Kollektiv aus Patienten besteht, die sowohl einen Kopf-Hals-Tumor als auch ein Bronchial-Ca hatten und es liegen nun von jedem Patienten Samples beider Tumore vor? Und durch die Analyse soll jetzt differenziert werden, ob das Bronchial-Ca synchron entstanden ist oder eine Metastase darstellt? Dann find ich das Thema eigentlich auch so vielversprechend, dass es einen zweiten Blick lohnt.

Oder sind das jeweils ca. 30 Bronchial-Tumor-Proben und 30 Kopf-Hals-Tumor-Samples von Patienten, die nichts miteinander zu tun haben? Dann versteh ich das Konezpt nicht so wirklich.

[Ulle]

Wollt Ihr p53 auf Transkriptebene untersuchen? Oder auf genomischer Ebene?

[iDoc]

also es liegen ca. 60 patienten vor die beides gleichzeitig hatten. dh. pro patient gibts schnitte vom kopfhalsCA und bronchial CA. Diese sollen Verglichen werden.

"Wollt Ihr p53 auf Transkriptebene untersuchen? Oder auf genomischer Ebene?"

was meinst du genau mit transkript ebene?
so wie ich vestanden habe, wird die p53 Dna sequenziert und dann jeweils verglichen ob in der Basenfolge der p53 DNA des kopfhalsCA und bronchialCA gleiche mutationen vorliegen. also genomisch?

kann vielleicht jemand sagen wie der aufwand bei angewandten methoden ist? wie lange braucht man im durchschnitt für PCR und seq-PCR?

was ich gehört habe, ist, dass diese p53 wenig aussagekraft hat und man stattdessen lieber genepressionsanalysen oder ähnliches machen sollte um ein aussagekräftiges ergebnis zu bekommen, stimmt das?

danke für die antworten!

[iDoc]

ist jetzt schon länger her, dass ich die frage gestellt habe. da ich diese arbeit jetzt anfangen werde... gibts noch etwas was ich beachten sollte, oder ist das konzept schlüssig?

wie sieht es aus mit PCR und seq-PCR? wie aufwedig sind diese methoden?

danke

[cKone]

wenn du einfach nur sequenzieren möchtest ist diese methode relativ einfach.
die arbeit liegt im pipettieren :-D

[davemed]

Sieh dir mal diese Publikation (http://content.nejm.org/cgi/content/short/359/4/366) an, wenn ich dich richig verstanden habe, dann dürfte das in die selbe Richtung gehen.
An sich klingt das Thema, zumindest soweit man das anhand deiner Angaben beurteilen kann, interessant. p53 ist halt eine relativ häufige Mutation, fraglich ob sich damit differenzieren lässt. Aber wie andere schon schrieben, für den Titel wird es auf jeden Fall reichen und eine schöne experimentelle Arbeit hast du damit auch. PCR und Sequenzierung sind gut zu schaffen!

Gruß,
David

P.S. Zu p53 und Kopf-Hals-Karzinomen, klicke hier (http://content.nejm.org/cgi/content/short/357/25/2552)

[Ulle]

Ich versteh nicht ganz, warum man bei verschiedenen Krebsformen verschiedene "Mutationsvarianten" des p53 erwarten soll, steck da aber auch überhaupt nicht drin.

Zur Methodik: PCR ist handwerklich so ziemlich das einfachste, was man machen kann - finde ich als Laboreinstieg und somit für eine medizinische Doktorarbeit sehr geeignet. Ich hab mir nun nicht das p53-Gen im Genombrowser angeguckt, aber die Sequenzierung ist vom experimentellen Design vielleicht nicht so trivial, wie man meinen könnte - auf cDNA-Ebene wäre vieles leichter und man sieht Mutationen, die zu Aminosäureveränderungen führen bzw. die Stabilität der mRNA beeinflussen.

[MediHH]

Ich versteh nicht ganz, warum man bei verschiedenen Krebsformen verschiedene "Mutationsvarianten" des p53 erwarten soll, steck da aber auch überhaupt nicht drin.



Das gilt es ja gerade herauszufinden ?
Das bestimmte Genetik andere Tumoren macht ist ja aber nichts neues. MEN Syndrome, Neurofibromatose, FAP, Retinoblastome sind hier nur einige wenige Beispiele. Gerade bei Retinoblastomen gibts es ja die Theorie des second hit. Sowas ähnliches könnte es auch für p53 geben. (ist aber auch nicht meine Materie). Letztlich ist die Aussage, dass es keine Beudeutung hat auch ein Ergebniss.