Genom Sequenzierung

[minnime]

Hallo zusammen,

ich muss derzeit eine Seminar-Arbeit zum Thema Biotechnologie schreiben und komme an einer Stelle nicht weiter:

Um neue Wirkstoffe zu finden oder ähnlichem muss das Genom Sequenziert werden. Weiter verstehe ich dabei sonst eigentlich gar nichts :-heul

Ich weiß wie es prinzipiell abläuft, aber sonst bin ständig in Sackgassen. Wäre toll wenn ihr mir helfen könntet. Entweder wo ich etwas einfaches zur Einleitung finden kann (Buch, Homepage, Artikel o.ä) oder was zu einer der folgenden Fragen wisst, die ich mir so notiert habe und bei denen ich nicht weiter komme:

1.Was ist eine Resequenzierung und wozu brauche ich diese?

2.Welche Sequenzier-Methode benötigt man für welche Anwendung (Tiere, Pflanzen, Organismen)?

3.Welche Anwendungen werden besonders häufig durchgeführt?

4.Wer sequenziert noch außer die Biotechnologie?

5.Wie läuft eine Sequenzierung ab? Wie lange dauert sie? Was braucht das Gerät, um zu funktionieren?

Da kommen Reagenzien, die Flüssigkeiten und alle Möglichen Platten und Chips rein, was wie und wo?!

6.Was kostet das ganze?


Vielen lieben Dank schon einmal für eure Antworten!!!

Grüße

[angelusmuc]

Hier ein bisserl Literatur:

Gentechnische Methoden: Eine Sammlung von Arbeitsanleitungen für das molekularbiologische Labor (Taschenbuch). Monika Jansohn. Spektrum Verlag

Der Experimentator: Molekularbiologie / Genomics (Taschenbuch). Mülhardt. Spektrum Verlag.

Ausserdem zu den Themen Pharmakogenetik und -dynamik gibt es gute online Literatur --> pubmed

[stud_tir]

Fragen noch relevant?

[stud_tir]

Um neue Wirkstoffe zu finden oder ähnlichem muss das Genom Sequenziert werden.Das stimmt soooo allgemein erstmal nicht.
Es hilft ungemein, wenn man das komplette Genom hat - aber eine absolute Notwendigkeit ist es nicht in allen Fällen. Häufig reicht es, einzelne Teile eines Genoms zu sequenzieren (wenn man sie identifizieren kann) oder "Ähnlichkeiten mit bekannten Genomen" zu bestimmen.


1.Was ist eine Resequenzierung und wozu brauche ich diese?Allgemein ist eine Resequenzierung eine erneute Sequenzierung eines Genoms.
Beispiel: Das Genom von Drosophila melanogaster (Fruchtfliege) ist ja komplett sequenziert. (Auf die unterschiedlichen Varianten der Drosophila gehe ich hier mal nicht ein).
Wenn jetzt eine normale Drosophila weiße Augen hat und wir ein Exemplar mit roten Augen finden, können wir eine Resequenzierung des Genoms der Rotäugigen Variante machen - durch Vergleiche mit dem Genom der Weißäugigen können wir eventuell Vorhersagen erstellen, welches Gen für die Variation verantwortlich ist.
Das ist beispielsweise wichtig um die Funktionsweise / Funktion von Genen zu bestimmen oder um zu bestimmen, wie und warum bestimmte Defekte entstehen.

Ansonsten haben wir natürlich das Problem, dass Individuen unterschiedlich sind - wenn wir also nur eine Drosophila sequenziert haben, kann es sein, dass ihr Genom nicht wirklich repräsentativ ist. Also sequenzieren wir viele und versuchen eine Art "gemeinsamer Nenner" zu finden.
Und wir haben das Problem, dass Sequenzierungen nicht perfekt sind (bei weitem nicht!) - durch Resequenzierungen können wir eventuell Fehler aufdecken.



2.Welche Sequenzier-Methode benötigt man für welche Anwendung (Tiere, Pflanzen, Organismen)?Die Frage verstehe ich nicht ganz?
Ob ich die DNA einer Pflanze oder eines Tiers untersuche ist für die Sequenzierung erstmal egal ... (Stimmt so auch nicht ganz, aber worauf willst Du hinaus?)


3.Welche Anwendungen werden besonders häufig durchgeführt?In welchem Bereich und mit welchem Schwerpunkt?


4.Wer sequenziert noch außer die Biotechnologie?Man sequenziert in der Entwicklungsbiologie, in der Genetik, in der Neuro - allgemein in der Biologie. Dann in der Medizin, in der Pharma, etc
Auch in der Kriminalistik werden Genanalysen betrieben - allerdings selten Sequenzierungen.


5.Wie läuft eine Sequenzierung ab? Wie lange dauert sie? Was braucht das Gerät, um zu funktionieren?

Da kommen Reagenzien, die Flüssigkeiten und alle Möglichen Platten und Chips rein, was wie und wo?!Gegenfrage: Wie läuft die Diagnostik in der Medizin ab? Welche Reagenzien werden verwendet?
Die Frage ist so zu allgemein... Es gibt dutzende von unterschiedlichen Verfahren mit teilweise extrem unterschiedlichen Verfahrensweisen.

*Falls* Interesse besteht, kann ich schauen, ob ich heute Abend eine kleine Übersicht zusammen schreiben kann - aber versprochen ist erstmal nichts...

Ganz allgemein: Du vervielfältigst die interessante DNA, zerschnippelst sie und analysierst auf irgendeine Methode die kleinen Teile (kurze Einführung beispielsweise auf Wikipedia (http://de.wikipedia.org/wiki/DNA-Sequenzierung#Sequenzierungsmethoden)). Dann setzt du die komplette DNA wieder zusammen. Dieses Zusammensetzen wiederum ist relativ kompliziert - die Algos kann ich gerne erklären, aber das kriegt ein paar Seiten Länge ;)


Warum das zerschnippeln? Ab einer bestimmten (Methodenabhängigen) Länge der DNA ist eine Komplett-Analyse schlicht und einfach nicht mehr möglich. Man kann (derzeit) nur kleine Teile analysieren.


6.Was kostet das ganze?Siehe Punkt 5. Das hängt u.A. vom Verfahren, von der benötigten Genauigkeit, von der Länge, von der Dringlichkeit, etc ab

Wie gut ist dein Wissen in Genetik allgemein? Ich würde dazu tendieren, dir weniger zu einem Biotech-Buch zu raten als vielmehr zu einem guten allgemeinen Lehrbuch der Genetik, beispielsweise von Rolf Knippers "Molekulare Genetik".

[minnime]

Hatte ganz vergessen euch zu danken!

Viele Grüße