Komplettsequenzierung Tumor

[Hirnschmalz]

Habe mal eine Frage: Bereits 2009 sagte der DKfZ-Vorsitzende Herr Prof. W., man gehe davon aus, dass im kommenden Jahr (2010) eine Komplettsequenzierung mit den modernsten Hochleistungssequenzieren für 500 (Fünfhundert) Euro zu haben sein wird. Gut, hat nicht ganz hingehauen, aber die Preise sind erfreulicherweise im Sturzflug und man kann eine Komplettsequenzierung durchführen.
Wo liegt nun das Problem, eine Komplettsequenzierung aus gesunder Gewebeprobe und aus Tumorgewebeprobe eines Krebspatienten durchzuführen und beide miteinander zu vergleichen. So werden doch sämtliche Unterschiede in den Sequenzen exakt ermittelt und bekannte oder/und unbekannte Mutationen und Kombinationen von Mutationen in bekannten oder unbekannten Onkogenen lassen sich exakt bestimmen. Dann wäre der schwierigste Schritt zur erfolgreichen Tumortherapie doch getan, nämlich sämtliche genetischen Abweichungen des Tumors zu bestimmen. Dann wäre der größte Schritt doch getan.
Warum macht man das nicht ?

[Evil]

Das Genom einer Tumorzelle unterscheidet sich nicht unbedingt von dem einer gesunden Körperzelle, daher bringt das nicht viel.

[bipolarbär]

Im ersten Semester kommt man noch auf Gedanken...



Wo liegt nun das Problem, eine Komplettsequenzierung aus gesunder Gewebeprobe und aus Tumorgewebeprobe eines Krebspatienten durchzuführen und beide miteinander zu vergleichen.

a) zur Tumorentstehung tragen vor allem Gene bei, die zelluläre Reparaturprozesse bzw. Signale zur Apoptose bei genomischen Schäden steuern, weißt du. Das führt dazu, dass ein "Tumor" ein buntes Potpourri von verschieden mutierten Zellpopulationen ist.
b) wie definierst du gesund? wie alt? von welchem Kontinent? Du wirst massive Mengen an Daten brauchen (such nach genome wide association studies) und was bringen die? Nicht viel... (@Evil: Quelle bitte, ich denke in den allermeisten Fällen trifft deine Aussage nicht zu, aber ich lern gern dazu!)


So werden doch sämtliche Unterschiede in den Sequenzen exakt ermittelt und bekannte oder/und unbekannte Mutationen und Kombinationen von Mutationen in bekannten oder unbekannten Onkogenen lassen sich exakt bestimmen.

Dann weißt du immer noch nicht, ob die entsprechenden mutierten Gene a) exprimiert (Außer du sequenzierst das Exom ;-) ) b) transladiert sind und c) was deren Funktion denn sein soll...


Dann wäre der schwierigste Schritt zur erfolgreichen Tumortherapie doch getan, nämlich sämtliche genetischen Abweichungen des Tumors zu bestimmen. Dann wäre der größte Schritt doch getan.

Absolut nicht... :-) Lass dich überraschen!

[Evil]

@Evil: Quelle bitte, ich denke in den allermeisten Fällen trifft deine Aussage nicht zu, aber ich lern gern dazu!
Ich dachte an epigenetische Veränderungen, nicht die klassische Mutation, die zur Tumorentstehung führt. Aber Du hast Recht, quantitativ ist das zumindest nach derzeitigem Wissenstand tatsächlich eher unbedeutend.

[DanielOliver]

Im Gegensatz zu sehr simplifizierenden Ansichten, die es vor 10 Jahren gab gibt es halt neben dem Genom noch ein Transkriptom, Proteom, Metabolom und Epigenom (nennt man das so?).
Und wenn man dass dann mit roher Gewalt und ganz viel -omics entschlüsselt hat (ist vielleicht gar nicht in allen Tumorzellen gleich, z.B. wenn die Theorie von den Krebsstammzellen stimmt) dann hat man einen riesigen Haufen Daten aus denen man schlau werden muss. Komplexe biologische Systeme sind halt genau das und nicht simpel und straight forward. Was natürlich gut für die Onkologen ist, die nächsten 100 Jahre werden die Habilitationsthemen nicht ausgehen:-))