Muskelkater beginnt jedoch trotz der bereits während der Überbelastung auftretenden Risse erst zu einem sehr viel späteren Zeitpunkt. Dies liegt daran, daß die Schmerznervenendigungen im Bindegewebe liegen, also nicht direkt an oder gar in den Muskelfasern. Das heißt: Risse in den Muskelfasern führen nicht direkt zu Schmerzempfindungen. Erst wenn die beschädigten Strukturen in der Zelle abgebaut werden, reizen die Spaltprodukte nach ihrem Austritt die Schmerznerven. Außerdem wird Wasser in die Zellen gezogen, wodurch diese anschwellen, Gefäßeinengungen verursachen und somit die Durchblutung beeinträchtigen. Auch hier liegt eine Ursache des Schmerzes.