Die Journals bekommen i.d.R. die Word-Datei, die wird dann von der Software zu HTML und PDF umgewandelt, der corresponding author muss das korrekte Erscheinungsbild bestätigen und beide Versionen werden dem Reviewer zur Auswahl überlassen.
Wie Schubbe schon sagte, schau vorher auf die akzeptierten Formate des jeweiligen Journals. Mit Word / RTF geht es auf jeden Fall. Ob man APS Journals (meinst du die American Physical Society?) mit klassischen medizinischen Journals vergleichen kann wage ich mal zu bezweifeln.
Wichtig ist auf jeden Fall, dass du eine 'Änderungen hervorheben'-Funktion hast, denn es wird nach der Revision i.d.R. eine 'plain Version' und eine mit hervorgehobenen Änderungen erwartet.