Meines Wissens nach (ohne Gewähr, meine Elternzeit ist 5 Jahre her) zählt beim Elterngeld das Zuflussprinzip. Also es kommt darauf an, wann dir deine Urlaubstage ausbezahlt werden. Da ich davon ausgehe, dass sie dir erst nach Beendigung deines ersten Arbeitsverhältnis ausbezahlt werden und du zu diesem Zeitpunkt kein Elterngeld (mehr) beziehst, sollte es unschädlich sein, somit nicht angerechnet werden.
Ich weiss nicht, wo du aktuell arbeitest, aber wenn das ein kleinerer Betrieb/Praxis etc ist, kann es auch sein, dass du den Urlaubsanspruch in Mutterschutz/BV erstmal durchkämpfen musst. So war es bei mir, das hat mehrere Monate gedauert bis der Chef das eingesehen hat, dass er wirklich im Unrecht ist.