Es wirkt nach deinen Schilderungen auf mich, als hättest du gern eine Dissertation mit minimalem Aufwand und möglichst guter Note. Das ist nur bedingt realistisch.
Eine rein retrospektive Arbeit kommt in aller Regel nicht über ein rite hinaus.
Die Note der Dissertation ist normalerweise irrelevant für die Habilitation. Näheres regeln die jeweiligen Habilitationsordnungen.
Aus eigener Erfahrung würde ich empfehlen, während des Studiums zuzusehen, dass man die Diss zügig hinter sich bringt. Wie qualitativ hochwertig die dann ausfällt, hängt von diversen intrinsischen und extrinsischen Faktoren ab (Motivation, Zeit, Interesse, um.).
Es gibt aber durchaus auch die Möglichkeit, erst während des Arbeitslebens zu promovieren (je nach gewünschtem Weiterbildungsgebiet kann eine nicht begonnene Diss die Stellensuche erschweren, oftmals ist es mittlerweile aber egal). Hier empfiehlt sich ein gutes Zeitmanagement, da man in der Freizeit nicht nur eine Diss schreiben muss, sondern eigentlich auch Weiterbildungsinhalte erarbeiten sollte.
Btw... wäre ich der Betreuer, würde ich einen Doktoranden suchen, der die Arbeit so durchführt, wie ich sie konzipiert habe.
Was hatte der Betreuer denn zu dem zeitlichen Aufwand der histologischen Datenaqkuise gesagt?