Physikum August 2011

[bremer]

Oh mann, jetzt krieg ich Hunger ... Wer kocht mir was?

[Sahni]

Oh mann, jetzt krieg ich Hunger ... Wer kocht mir was?

Wenn du deinen Puffer von 10% mal beiseite legst, hättest du sicherlich auch zeit dir Kartoffelpuffer zu machen wie TheStressor....

[Saphira.]

Sooo.. ich glaub so langsam hab ich auch meinen Frieden mit Psychologie gefunden... hab zwar das Physikum von 2011 noch nicht gemacht, das steht aber heute Abend danach kann ich (hoffentlich) auch Entwarnung geben ;-). Falls jemand noch nach gutem Material sucht, die Physika bis letztes SS kann man mit den Medi-Learns (hab die 4. Auflage) locker zu 90% lösen, wenn man sie einigermaßen verstanden und gelernt hat... daher danke für die Tipps von euch :-)!

@leofgyth... : wegen Physiologie, das Physikum von diesem Frühjahr ist bei mir gar nicht so schlecht Ausgefallen (deutlich über 70%) also wenn du ne Aufmunterung brauchst, dann kreuze einfach das und nicht die von 2005 :-))... was ich noch fragen wollte, hast du vielleicht einen guten Tipp wo der Cabrerakreis gut erklärt ist? Hatte den im Semester eigentlich total drauf aber irgendwie hab ich jetzt nen miesen Denkfehler drin den ich nicht rausbekomm :-kotz

[Sahni]

Saphira: Huppelsberg oder der große Silbernagl, da fand ich sich ganz gut erklärt.


Warum stimmt diese Aussage: Die beiden eingesetzten Primer binden an unterschiedliche Einzelstränge der zu amplifizierenden DNA.

Ist eine aktuelle Biochemiefrage des Physikum SS11 und soll angeblich richtig sein. Jedoch kann ich nicht nachvollziehen, was daran richtig sein soll. Die 2 Primer bestehen ja jeweils auch aus 2 Einzelsträngen von denen jeweils sich jeder an einen der aufgespalteten DNA stränge bindet. Bei dem zweiten Primer genauso, wobei der zweite doch zur markierung des Endes dient und somit an den gleichen strängen (nur an anderer Stelle) zu binden hat.

[Srey]

Gehts um die PCR?

Da binden die Primer jeweil jeder an einen Einzelstrang und beide Einzelstränge werden gleichzeitig amplifiziert....

Ein Ende wird nicht markiert. Dazu gibts ganz gute Videos auf Youtube...

[Saphira.]

Ich denke mal du redest von der Polymerasekettenreaktion oder? Da wird ja eine doppelstränge DNA zunächst durch Hitze gespalten, während die hitzebeständige Taq-Polymerase darauf wartet danach beide Einzelstränge ausgehend von zwei unterschiedlichen Primern, (denn die müssen ja komplementär sein, da einmal 3' und einmal 5'-Ende) die sich selbständig anlagern, wieder zu vervollständigen. Somit stimmt das ja mit den Primern die sich an zwei verschiedenen Strängen anlagern, würd ich mal sagen... hab aber Biochemie noch nicht wiederholt das ist nur altes Schulwissen von Biologie, kann also durchaus denkfehlerbehaftet sein ;-)

[cookiemonster]

Saphira: Huppelsberg oder der große Silbernagl, da fand ich sich ganz gut erklärt.


Warum stimmt diese Aussage: Die beiden eingesetzten Primer binden an unterschiedliche Einzelstränge der zu amplifizierenden DNA.

Ist eine aktuelle Biochemiefrage des Physikum SS11 und soll angeblich richtig sein. Jedoch kann ich nicht nachvollziehen, was daran richtig sein soll. Die 2 Primer bestehen ja jeweils auch aus 2 Einzelsträngen von denen jeweils sich jeder an einen der aufgespalteten DNA stränge bindet. Bei dem zweiten Primer genauso, wobei der zweite doch zur markierung des Endes dient und somit an den gleichen strängen (nur an anderer Stelle) zu binden hat.

die aussage ist richtig. bei der pcr wird ein doppelstrang zunächst bei ca. 90° getrennt. ein primer bindet mit 5´3´orientierung an den einen DNA strang mit 3´ 5´orientierng. der andere primer genau umgekehrt. und dies an unterschiedlichen primer bindungstellen. die zu amplfizierende dna sequenz wird dabei exponentiell vervielfältigt. die beiden primer müssen ja anunterschiedlichen stellen binden sonst könntest du ja nichts amplifizieren. wenn man sich das amplifikationsschema aufmalt wird es besser deutlich.
am besten merkt man es sich vereinfacht so: es werden 2 verschiedene primer eingesetzt. deshalb binden sie an unterschiedliche dna bereiche. ansonsten wäre der einsatz zweier unterschiedlicher primer ja sinnlos.

[cookiemonster]

edit: nein, die primer binden nicht am gleichen dna strang, sondern der eine primer an strang "A" und der andere an den komplementären strang "B"...

[Sahni]

War mir sicher, dass ein primer ebenso aus doppelsträngiger DNA besteht und durch das erhitzen neben dem DNA-template ebenfalls sich teilt (so laut impp)

Dementsprechend brauchen wir zwei primer, damit einer das ende markiert. (wie sollten wir sonst eine bestimmte dna sequenz amplifizieren, wenn wir nicht festlegen, wann mal schluss ist) Die zeit zu regulieren wäre da schon ziemlich ungenau.
So mein DNA template (nur die anfangssequenz, vereinfacht von einem 3bp primer ausgegangen, 20 sind mir zuviel...)

3`xxxxttaxxxxxxxxxxxccgxxxxxxxxxxxx5´
5´xxxxaatxxxxxxxxxxggcxxxxxxxxxxxxx3´

meine 2 primer (doppelsträngige dna, die sich durch erhitzen auch aufsplittet) würde folgend aussehen

1.
aat
tta

2.
ggc
ccg


Dementsprechend würden sich teile beider primer an beide dna lagern und der anteil der xxxxxx zwischen den zwei von mir gekennzeichneten dna anteilen würden amplifiziert werden (von 3-5 abgelesen).
Also hab ich entweder durchgehend die falsche vorstellung davon, was denn nun primer sind oder ich steh vollkommend auf den schlauch, sollte das richtig sein.

[Saphira.]

Also das wäre mir aber alles ganz neu. Von doppelsträngigen Primern hab ich noch nie was gehört, die sich dann während der Erhitzung teilen sollen. Meines Wissens sind es zwei Primer (jeweils für das 5`-Ende, denn die Polymerasen arbeiten ja nur in die 5'-3'-Richtung kontinuierlich) die einzelsträngig sind. Ein Primer für das Ende der Polyermasekettenreaktion gibt es meines Wissens gar nicht.

Hat so auch mein Biochemieprof. Montenarh im akutellen Löffler auf Seite 247 beschrieben.. habs grad extra nochmal nachgeschlagen.

Zu Psychologie... macht euch keine Sorgen hab mir grad ne halbe Stunde für das aktuelle Physikum gegönnt und es waren 49 der 56 gewerteten Fragen richtig bei mir.. also knappe 89,5%. Die Fragen sind zwar vom Wortlaut her neu aber nicht so, dass man nicht mit etwas grübeln auf die richtige Antwort kommen kann. Fands echt nicht so schlimm wie alle im Vorfeld erzählt haben.. ;-)

[Elena1989]

War mir sicher, dass ein primer ebenso aus doppelsträngiger DNA besteht und durch das erhitzen neben dem DNA-template ebenfalls sich teilt (so laut impp)

Dementsprechend brauchen wir zwei primer, damit einer das ende markiert. (wie sollten wir sonst eine bestimmte dna sequenz amplifizieren, wenn wir nicht festlegen, wann mal schluss ist) Die zeit zu regulieren wäre da schon ziemlich ungenau.
So mein DNA template (nur die anfangssequenz, vereinfacht von einem 3bp primer ausgegangen, 20 sind mir zuviel...)

3`xxxxttaxxxxxxxxxxxccgxxxxxxxxxxxx5´
5´xxxxaatxxxxxxxxxxggcxxxxxxxxxxxxx3´

meine 2 primer (doppelsträngige dna, die sich durch erhitzen auch aufsplittet) würde folgend aussehen

1.
aat
tta

2.
ggc
ccg


Dementsprechend würden sich teile beider primer an beide dna lagern und der anteil der xxxxxx zwischen den zwei von mir gekennzeichneten dna anteilen würden amplifiziert werden (von 3-5 abgelesen).
Also hab ich entweder durchgehend die falsche vorstellung davon, was denn nun primer sind oder ich steh vollkommend auf den schlauch, sollte das richtig sein.

Zitat aus Horn, Biochemie des Menschen:

Oligos (Primer) sind kurze DNA - Einzelstrangstücke mit etwa 20 - 30 Nukleotiden Länge.

Du hast also zwei verschiedene, einzelsträngige Primer, die dann an jeweils einen Strang der denaturierten DNA binden.

[cookiemonster]

@sahni: nein primer bestehen nicht aus doppelsträngiger DNA. da liegt wohl der denkfehler.

habe selbst hunderte pcr gemacht und primer bestellt und designt. habe immer einzelstränge synthesieren lassen.

man kann sich das am besten so vorstellen ...

x ist zu zu amplifizierende dna sequenz....
y die ausgehend von den primern amplifizierte sequenz durch die polymerase:

im ersten zyklus schmilzt die dna....

5´-------xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-----------3´
3´-------xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-----------5´


schmelzen


5´-------xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-----------3´


3´-------xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-----------5´




primer binding und amplifikation


5´-------xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-----------3´
3´yy 5´-->

<--5´yy3´
3´-------xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-----------5´



5´-------xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-----------3´
3´yyyyyyyyyyyyyyyyyyyy5´


3´-------xxxxxxxxxxxxxxxxxxxx-----------5´
3´yyyyyyyyyyyyyyyyyyyy5´


dann beginnt wieder ein zyklus beginnend mit schmelzen....

die primer binden also entgegengesetzt an verschiedenen komplementären stellen der dna...

[Sahni]

Danke, dann war da mein "denkfehler". Denn in unserem Praktikumsskript steht, dass auch die primer beim erhitzen sich trennen...

Aber damit klärt sich das. Aber bisher bin ich zufrieden: Tag1 SS11 war ein voller erfolg mit 100% in physik :-party

Aber wird dann wirklich nur mit der zeit reguliert, wie lang die zu amplifizierende dna ist? So ne taq schafft ja bestimmt 1kbp pro sekunde und die elongation läuft ja meist >30secunden. Dementsprechend würde die dna ja nicht ganz genau kopiert, sondern immer mal einwenig kürzer werden....(noch ein denkfehler meinerseits?)

Aber nochmals DANKE für die ausführliche erklärung cookiemonster. Und danke Elena. :)

[cookiemonster]

Danke, dann war da mein "denkfehler". Denn in unserem Praktikumsskript steht, dass auch die primer beim erhitzen sich trennen...

Aber damit klärt sich das. Aber bisher bin ich zufrieden: Tag1 SS11 war ein voller erfolg mit 100% in physik :-party

Aber wird dann wirklich nur mit der zeit reguliert, wie lang die zu amplifizierende dna ist? So ne taq schafft ja bestimmt 1kbp pro sekunde und die elongation läuft ja meist >30secunden. Dementsprechend würde die dna ja nicht ganz genau kopiert, sondern immer mal einwenig kürzer werden....(noch ein denkfehler meinerseits?)

Aber nochmals DANKE für die ausführliche erklärung cookiemonster. Und danke Elena. :)


oben sind die yyyyy stänge verrutscht. nein nach der zeit wird das nicht reguliert. die pcr ist ja hochspezifisch für eine bestimmte zu verlängernde sequenz. nach einigen zyklen binden die primer vorwiegend an die zu amplifizierende sequenz...oben wäre das xxxxxx zu yyyyyyy ..... die primer binden immer wieder an die gleiche sequenz und vervielfältigen nur das amplifikat.kommt die polymerase ans ende eines stranges im amplifikat an kann sie folglich auch nicht weiter polymerisieren....die polymerase kann aber auch fehler einbauen. man benutzt deshalb manchmal andere polymerasen als die taq die keine so hohe fehlerrate haben.

[Sahni]

Das ist mir klar, trotzdem danke für die erläuterung. (pfu und co sind ja bevorzugte proof reading polymerasen...)
Aber dann amplifiziert man ja gar nicht so selektiv. Man legt nur den anfang fest? Dachte man begrenzt auch das ende. :)

[Srey]

http://www.youtube.com/watch?v=eEcy9k_KsDI

doch... das ende ist ergibt sich automatisch.
die ersten zwei Zyklen machen noch verlängerte DNA - Reste. Ab dem 3. Zyklus hat man dann die Länge, die man will.

Guck dir das Video mal an... da wird es ganz gut deutlich finde ich... ansonsten gibt es auch noch andere...

[Sahni]

Danke Srey. Jetzt ist mir alles klar :). Die ganze Zeit im Irrglauben gelebt.... :)

Fazit 2Teil SS11: Habe mir wieder 2 Stunden zeit genommen und dementsprechend 3mal gut verlesen. Im ganzen bin ich zufrieden, obwohl Tag2 schon 1-2% schlechter war, als mein durchschnittswert und gefühlt 10%

[Recall8]

Welches Physikum soll denn SS11 sein? Ich kreuze die letzten beiden Physika erst in der letzten Woche,ansonsten habe ich mich bei 320 Fragen am Tag so bei 80+ eingependelt. denke aber nach wie vor,dass nur Kreuzen etwas windig ist.Werde jetzt nochmal alles wiederholen,wird aber knapp :-) Mündlich erst ende September,das nervt mich gerade.

[bremer]

Mündlich ende September würd mich auch tierisch ankotzen. Ich finde meinen Termin am 09.09 ja schon spät. Na ja, vl kannst du ja zw. schriftl. und mündl. Urlaub machen, obwohl das natürlich nicht so entspannend ist, als wenn du das alles schon hinter dir hättest.

[-Julchen-]

@bremer: Ich find das auch reichlich spät! Aber der spätest mögliche TErmin ist der 16.9., da sind danach immernoch drei Wochen bis zum Semester, das sollte zum Urlaub machen reichen;-)
Hab ich schonmal erwähnt, dass ich Biochemie hasse!! Aber heut ist der letzte Tag, ab morgen dann Physio. Dumm nur, dass ich mir allen Scheiß für den Schluss aufgehoben hab: Citratcyclus, Atmungskette....
:-keks