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Obwohl Metronidazol im Tierversuch eine mutagene und kanzerogene Wirkung aufweist, hat sich der Verdacht der schädlichen Wirkung auf den menschlichen Organismus nicht bestätigt. Daher kann eine Anwendung bei der schwangeren Frau für die Behandlung einer Trichomoniasis erfolgen, wobei Metronidazol in einer einmaligen oralen Gabe verabreicht wird. Eine vaginale Anwendung sollte nicht erfolgen, weil hier die Einwirkungen auf das Ungeborene erhöht sind. Bei lebensbedrohlichen Infektionen mit Anaerobiern kann eine parenterale Gabe erforderlich sein.